El aeropuerto de Jönköping, situado a unos 10 km del centro de la ciudad, está destinado tanto a vuelos regulares como a vuelos de chárter y de carga.
Jönköping dispone de buenas comunicaciones y conexiones ferroviarias con Estocolmo y Kastrup-Copenhague, entre otros.
Varias empresas de autobuses ofrecen amplios servicios regulares a Jönköping y/o a través de Jönköping hacia destinos en Suecia o en otros países.
Jönköping tiene varias estaciones de biogás y muchos autobuses municipales funcionan en parte con biogás, que se produce localmente a partir de residuos orgánicos de los hogares del municipio.