En 1634 Jönköping pasó a ser la capital provincial.
En el siglo XIX, la ciudad se hizo famosa en todo el mundo por su fabricación de cerillas. El edificio donde comenzó la producción de cerillas es actualmente un museo.
El municipio de Jönköping fue creado en 1971 con la fusión las ciudades de Jönköping, Huskvarna y Gränna, así como el distrito urbano de Norrahammar, siete distritos rurales y una parroquia.
Gränna está situada en la parte norte del municipio de Jönköping, sobre la costa oriental del lago Vättern, frente a la isla de Visingsö. Gränna fue fundada en 1652 y es famosa por sus bonitas casas de madera, sus cultivos frutales y la fabricación de “polkagrisar" (bastones de caramelo). De aquí parten los servicios de transbordadores hacia la isla de Visingsö. Durante los siglos XII y XIII, Visingsö fue el centro del poder real de Suecia y desempeñó un papel importante en la historia de Suecia.
Huskvarna obtuvo el privilegio de ciudad en 1911. Geográficamente, está integrada desde hace largo tiempo en el núcleo urbano de Jönköping y es actualmente un distrito en la parte oriental del municipio de Jönköping. La predecesora de la empresa actual Husqvarna AB, una fábrica de armas ligeras, comenzó la fabricación de sus productos a finales del siglo XVII.
Norrahammar, al sudoeste del núcleo urbano de Jönköping, era originalmente un polo industrial creado alrededor de Norrahammars bruk, una fábrica de metales. Desde finales de los años setenta, Norrahammar está integrada con Jönköping. Norrahammars bruk fabricaba, entre otros, cocinas de hierro y calderas.