El municipio de Jönköping tiene una veintena de reservas naturales. Entre ellas podemos mencionar a Taberg, que está formada con una variedad de roca muy especial. La extracción de mineral de hierro comenzó aquí en el siglo XV. La extracción minera ya no existe y la mina puede ser visitada durante el verano. Las laderas de la montaña son el hábitat de más de 400 especies diferentes de plantas de flores y helechos, desde plantas del centro de Europa hasta plantas alpinas. Una curiosidad es que en Taberg y sus alrededores existen nueve especies diferentes de murciélagos.
Muchas de las reservas naturales del municipio están situadas en zonas de interés nacional. Una característica predominante de Jönköping son los bancos de Rosenlund, de 30-40 metros de altura. Aquí pueden verse rastros de la fundición de los glaciares continentales hace 11.000 años aproximadamente.
En el municipio de Jönköping existen dos zonas pantanosas, Dumme moss y Komosse, de una desolación magnífica.
La finca de Brunstorp, en la reserva natural de Husqvarnabergen, es un jardín de árboles frutales con alrededor de 130 especies de manzanas, 30 especies de peras y una veintena de especies de cerezas y ciruelas. Muchas de ellas son especies locales que han estado en vías de extinción.
Jönköping no sólo es famosa por su bella ubicación, sino también por sus parques. Stadsparken, un parque urbano centenario, está situado en las alturas, al oeste del centro de la ciudad. El parque contiene, entre otros, un Museo de Pájaros de características únicas.
El Rosedal, situado entre Jönköping y Huskvarna, posee más de 300 especies de rosas.
Gränna y Visingsö son ricas en tesoros naturales y culturales, y están consideradas como uno de los destinos turísticos más interesantes del municipio de Jönköping. En Visingsö son famosos los paseos en “remmalag", tradicionales carros tirados por caballos.