El Concejo Municipal establece los objetivos políticos para las diferentes actividades municipales, el presupuesto municipal, las políticas económicas a largo plazo, etc. El Concejo está integrado por 81 concejales, de los cuales 48 representan a “Samverkan i Jönköping". El Partido Socialdemócrata de Suecia (S) y el Partido de Izquierda (V) tienen juntos 33 mandatos. La Presidenta del Concejo es Anna Mårtensson (FP).
La Comisión Municipal de Gobierno dirige y coordina el trabajo con los objetivos y políticas globales del municipio, y gestiona todas las actividades municipales. La Comisión Municipal de Gobierno tiene 15 miembros. La Presidenta es la concejala Acko Ankarberg Johansson (KD).
Además del Concejo Municipal y la Comisión Municipal de Gobierno, la organización municipal consta de 15 comités y 10 concejos de distritos.
Alrededor de 500 personas participan, en el tiempo libre, en la actividad política del municipio de Jönköping. De ellas, 5 representantes elegidos, los concejales, trabajan a tiempo completo.