L´aéroport de Jönköping, situé à près de 10 kilomètres du centre de Jönköping est desservi tant par les lignes régulières que les vols charter et ceux de fret.
Jönköping dispose également de bonnes liaisons et connexions par chemin de fer vers Stockholm ainsi que vers Kastrup-Copenhague.
Plusieurs sociétés de transport par route assurent aussi un trafic régulier de et/ou via Jönköping et les villes de Suède ainsi que les capitales des autres pays.
Il existe plusieurs stations de biocarburants à Jönköping et les autobus de la commune sont, dans une certaine mesure, propulsés par ce carburant. Le biocarburant est produit sur place, entre autres à partir des ordures ménagères en provenance des cuisines de la commune.