En tant que parent, vous avez le droit de choisir l´école à laquelle votre enfant sera inscrit. La commune a près de 50 écoles préparatoires et dirige quatre lycées. Les programmes proposés par les lycées comprennent pratiquement tous les programmes et orientations nationaux. Outre ceux-ci, il y a aussi IB, International Baccalaureate, ainsi qu´un certain nombre de programmes spécialement conçus. De plus, la commune de Jönköping abrite un des trois pensionnats de la Suède, Grennaskolan, à orientation internationale.
Finalement, la commune de Jönköping propose une vaste gamme d´écoles culturelles qui assurent des formations dans les domaines photo, danse, dramaturgie, théâtre et musique.