Jönköping som ortnamn dyker för första gången upp i skrift år 1278 (in castro Junakøpung). Namnet anses allmänt komma från den bäck som en gång rann genom staden, "Junebäcken". Exakt vad ordet June anger är inte säkert, men det kan komma från det fornnordiska ordet ýr vilket betyder idegran. Ordet "köping" anger att det var en handelsplats. Jönköping betyder således handelsplatsen vid junebäcken. Eller om man så vill, handelplatsen vid idegransbäcken.
I stadens äldre historia intar Magnus Ladulås en viktig roll. Den 18 maj 1284 ger han Jönköping lov att hålla två återkommande marknader. Priviligiebrevet är det äldsta bevarade som en svensk stad fått.
I Huskvarna byggdes omkring år 1360 fästet Rumlaborg som ett försvar för riksvägen till Östergötland. Från Rumlaborg har Huskvarna fått sitt förnamn "Hus". I äldre tider betydde det befäst plats eller slott. Efternamnet "kvarna" kommer från den kvarn som en gång låg vid ån. I samband med Engelbrekts uppror mot danskarna 1434 brändes Rumlaborg. Men man kan fortfarande se delar av dess ruiner när man passerar Huskvarna på E4an.